1）將官網(wǎng)下載到的BSTViewer_project文件夾數據（或者通過(guò)運行BSTMatrix 得到的BSTViewer_project 文件夾）存放到英文命名的文件夾之中；【包括各個(gè)級別分辨率矩陣文件，及BMChiper 或者官網(wǎng)下載的HE 染色圖片】可以同時(shí)在此文件夾下邊新建一個(gè)outdir 作為文件輸出路徑；

2）運行“BSTViewer V3.0正式版-WIN-64\BSTViewer V3.0正式版\bin”目錄下的BSTViewer，點(diǎn)擊“創(chuàng )建項目”創(chuàng )建任務(wù)，選擇1）中的文件夾outdir；

創(chuàng )建輸出目錄

3）導入HE圖片和矩陣文件。導入的HE圖片可以通過(guò)鼠標左鍵進(jìn)行移動(dòng)，滾輪可對圖片進(jìn)行縮放；

導入HE圖片

導入矩陣

4）進(jìn)行ROI 創(chuàng )建。點(diǎn)擊“ROI”按鈕，此處可以選擇全局聚類(lèi)和部分區域聚類(lèi)。cont和conts-all分別代表在全局下聚類(lèi)與全局扣除空白區域聚類(lèi)。區域聚類(lèi)的話(huà)目前提供了“框選模式”和“矩形框選”兩種模式?？蜻x合適的區域后點(diǎn)擊“結束一次選取”，選擇“保存或摳除”，完成之后點(diǎn)擊“保存ROI組”并命名即可；

5）點(diǎn)擊“Clustering”，選取自己感興趣的分辨率，和適當的參數，然后點(diǎn)擊“啟動(dòng)聚類(lèi)”；

LEVEL選擇：不同等級分辨率

最小基因數：當單個(gè)spot中基因數少于這個(gè)數目則會(huì )被自動(dòng)過(guò)濾掉；

最小spot組數：?jiǎn)蝹€(gè)基因需要表達的spot數，少于這個(gè)數目該基因會(huì )被過(guò)濾掉；

RESOLUTION：聚類(lèi)豐富度值，該數值越高cluster種類(lèi)越多，推薦在0.5附近調整。

區域框選

區域聚類(lèi)結果

全局聚類(lèi)結果

摳除空白的全局聚類(lèi)結果

6）最后得到框選到的感興趣區域的聚類(lèi)結果，點(diǎn)擊“ROI”切換為“瀏覽模式”可以通

過(guò)鼠標滾輪進(jìn)行縮放，查看結果；

7）聚類(lèi)圖片可以在TOOLS欄中進(jìn)行保存。點(diǎn)擊圖畫(huà)模式可以選擇“僅保存HE”和“HE＆Cluster”分別進(jìn)行保存。

結果路徑

1）cluster聚類(lèi)結果保存在“outdir文件夾”中的“cluster”中。包含cluster聚類(lèi)圖片、barcode信息、UMAP、tSNE聚類(lèi)結果。

2）聚類(lèi)過(guò)程中保存的HE圖片和cluster聚類(lèi)圖片保存在“imgs”文件夾中。

3）選擇的區域聚類(lèi)的矩陣文件保存在“subdata”文件夾中