功能基因定位之初級分離群體的逆襲

之前跟大家分享了基因定位解決方案之聯(lián)合分析，今天就跟精細定位的另一種方法，也就是我們精細定位常用的方法。

傳統QTL精細定位的方法是利用高代回交群體（通常為NIL群體），也就是除了某幾個(gè)片段來(lái)源于供體親本，基因組其他區域來(lái)源于受體親本，這將數量性狀質(zhì)量化，屏蔽遺傳背景的干擾，如果研究微效QTL，這種方法也可排除主效QTL的干擾，但其構建時(shí)間長(cháng)和構建過(guò)程復雜等特點(diǎn)使得科研工作者耗費過(guò)多精力在精細定位這個(gè)過(guò)程。

隨著(zhù)NGS測序成本的降低，使得基因組信息不斷的公布，標記數目和種類(lèi)不斷的增加，簡(jiǎn)單易構建的初級分離群體也不再只限于初定位，其可結合定位區間內KASP標記進(jìn)行高通量基因分型，進(jìn)而加速精細定位進(jìn)程。

接下來(lái)就回顧一下我們之前推送過(guò)的黃瓜耐澇SLAF-BSA文章（詳細見(jiàn)《Plant Journal_SLAF-BSA助力黃瓜耐水淹機制解析》的大致內容，其中就利用KASP技術(shù)對F2大群體進(jìn)行精細定位~~~

本研究利用SLAF-BSA技術(shù)，將黃瓜耐澇基因定位在301kb區間內（初定位群體為949株，選擇50+50的混池），針對定位區間的SLAF標簽的SNP信息設計KASP標記和dCAPS標記，并對6691個(gè)F₂子代和6個(gè)F_2:3家系進(jìn)行分型，結合重組個(gè)體基因分型和表型數據，將ARN6.1定位在36.1kb的范圍內，后期結合轉錄組，找出候選基因CsARN6.1。

圖1??ARN6.1精細定位結果

除了傳統的F₂、RIL和NIL群體，剩余雜合系（RHL）群體也是一種適合于QTL精細定位的群體，其是利用分子標記可以直接從重組自交系（RIL）或回交自交系（BIL）群體中篩選出在目標區間內雜合而背景純合的個(gè)體，通過(guò)自交構建成RHL群體。

同樣地，我們簡(jiǎn)單回顧一下之前推送過(guò)水稻SLAF遺傳圖譜文章（詳細見(jiàn)《繼12連發(fā)，SLAF-遺傳圖譜再創(chuàng )佳績(jì)》）的大致內容，其中就用到了RHL群體進(jìn)行定位~~~

本研究利用SLAF-遺傳圖譜和粒形差異RIL群體表型結合定位到一個(gè)水稻粒形相關(guān)的noval 主效QTL——qTGW3。針對這個(gè)QTL構建了RHL群體，定位區間內開(kāi)發(fā)標記對RHL群體檢測，找到54個(gè)重組單株，結合表型將定位區間縮小到18.7Kb區域，其中含有3個(gè)候選基因，通過(guò)基因注釋發(fā)現LOC_Os03g62500編碼GSK3/SHAGGY-Like家族的蛋白激酶，已有報道此家族有成員與粒形相關(guān)，所以被鎖定為候選基因。

圖2 ?qTGW3精細定位

結合上次呢，總共跟大家分享了常用的2類(lèi)精細定位的方法，如果各位有補充的話(huà)，下面留言區等著(zhù)你呦。

今天篇幅較短，主要總結一下常見(jiàn)精細定位的思路。主要強調了一下KASP技術(shù)和RHL群體在精細定位中的應用（雖然很常見(jiàn)，但還是忍不住磨嘰一下），百邁客同樣有KASP業(yè)務(wù)，如果您有需求的話(huà)，點(diǎn)擊下方按鈕聯(lián)系我們。

 

 

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參考文獻：

Xu X, Ji J, Xu Q, et al. The major-effect QTL?CsARN6.1?encodes an AAA-ATPase domain-containing protein that is associated with waterlogging stress tolerance through promoting adventitious root formation[J]. Plant Journal, 2018.

JieZheng Y, Ming M, Chen B,et al.?TGW3, a Major QTL that Negatively Modulates Grain Length and Weight in Rice [J]. Molecular Plant,2018