二代轉錄組測序已經(jīng)如火如荼的開(kāi)展了近十幾年，關(guān)于mRNA研究的文章也呈爆發(fā)式的發(fā)展，但是最近幾年單純的mRNA檢測似乎不再那么吃香了。我們來(lái)看一組數據，下圖是Pubmed數據庫中檢索mRNA得到的相關(guān)的文獻信息，數據顯示2015年時(shí)普通mRNA文獻已經(jīng)達到峰值，隨后關(guān)于mRNA的文章開(kāi)始有下滑的趨勢。
那么問(wèn)題來(lái)了，還有什么技術(shù)可以達到科研目的，又不顯得那么過(guò)時(shí)呢？不著(zhù)急，全轉錄組測序來(lái)助你！全轉錄組是指特定組織或細胞在特定狀態(tài)下所有轉錄產(chǎn)物的總和，包括mRNA和各種noncoding RNA。機體內除了mRNA轉錄翻譯成蛋白質(zhì)行使功能以外，noncoding RNA在轉錄調控中占有重要的作用。像近幾年來(lái)比較火熱的競爭性?xún)仍碦NA(ceRNA)調控機制也屬于全轉錄組研究的范疇內。那不多說(shuō)，直接上文獻，有文獻有真相。
研究?jì)热?/strong>
本文先是對HBV相關(guān)肝纖維化（n = 10）患者和健康對照組（n = 8）進(jìn)行血漿小RNA測序，根據差異基因和研究背景鎖定目標研究對象“miR-185-5p”。qPCR和WB檢測miR-185、以及肝纖維化特征基因RNA和蛋白表達水平。隨后通過(guò)細胞學(xué)實(shí)驗、體外實(shí)驗、小鼠模型實(shí)驗等，發(fā)現miR-185通過(guò)靶向RHEB和RICTOR抑制HSC的活化，并且觀(guān)察到的纖維化與miR-185表達之間的負相關(guān)關(guān)系，可用于評估纖維化的嚴重程度。為了進(jìn)一步研究是否可以將miR-185鑒定為疾病進(jìn)展的候選預測指標，需要具有可比臨床病理特征和完整隨訪(fǎng)數據的更大隊列研究。
研究?jì)热?/strong>
在本研究中，為了評估circRNA在人體內的作用，作者采用了高通量測序方法，測定TLE患者和非TLE患者顳葉新皮質(zhì)中circRNA表達水平，并對環(huán)狀RNA的功能進(jìn)行注釋。同時(shí)對circRNA表達譜進(jìn)行了全面的分析，確定了癲癇患者的8個(gè)circRNA。其中顯著(zhù)差異表達的circ-EFCAB2和circ-DROSHA可能是通過(guò)調節來(lái)源基于EFCAB2和DROSHA參與TLE，也可能作為miRNA的海綿影響靶基因的表達，參與TLE的發(fā)病機制。描述了一個(gè)包含潛在基因與circRNA-miRNA的網(wǎng)絡(luò )。
（文章解讀Link：https://mp.weixin.qq.com/s/K1gB95msNBjaj5_3zRY7tA）
發(fā)表雜志：J. Cell. Mol. Med.?2019
影響因子：4.658
合作單位：復旦大學(xué)醫學(xué)院
研究?jì)热?/strong>
作者研究長(cháng)鏈非編碼RNA (lncRNAs) 在肺癌中的作用。作者使用微陣列來(lái)研究P53敲除和KRAS-G12D突變小鼠肺腺癌中異常表達的lncRNAs。結果表明，shRNAs敲除NONMMUT015812可降低KP細胞的增殖和遷移能力。在小鼠肺腺癌中異常表達的lncRNAs中，NONMMUT015812是一個(gè)潛在的致癌基因。
好啦，今天文獻就說(shuō)到這里。上述文獻是不是有種似曾相識的感覺(jué)，10年前，轉錄組按照“測序-找差異-功能描述”這套思路也可以發(fā)個(gè)比較好的文章，這幾年卻不能了。但是現在全轉錄正在開(kāi)啟這種模式，你有沒(méi)有g(shù)et到！
京公網(wǎng)安備 11011302003368號