【文獻秀第3期】全長(cháng)轉錄組的比較分析揭示羅浮買(mǎi)麻藤莖的動(dòng)態(tài)變化

摘要

買(mǎi)麻藤屬的大部分種類(lèi)廣泛分布于熱帶地區，有著(zhù)廣泛的工業(yè)用途，包括繩、網(wǎng)以及紙的制造。盡管已經(jīng)有許多研究對莖的發(fā)育過(guò)程進(jìn)行了解剖研究，但在買(mǎi)麻藤屬植物中，調控這一發(fā)育過(guò)程的潛在分子機制仍鮮為人知。利用Oxford Nanopore技術(shù)，從羅浮買(mǎi)麻藤（Gnetum lofuense）莖發(fā)育的四個(gè)階段取樣，共獲得12個(gè)樣本進(jìn)行全長(cháng)轉錄組測序。分析結果顯示，共發(fā)現了24,151個(gè)可變剪接（AS）和134,391個(gè)可變多聚腺苷酸化（APA）。在四個(gè)發(fā)育階段中，發(fā)現可變剪接呈現動(dòng)態(tài)變化，特別是內含子保留的情況，而可變多聚腺苷酸化位點(diǎn)的轉錄本數量沒(méi)有發(fā)現動(dòng)態(tài)變化。共檢測到728個(gè)lncRNA，順式調控的靶基因數量顯著(zhù)增加，而反式調控的靶標基因數量沒(méi)有變化。此外，對所有全長(cháng)轉錄本的K-mean聚類(lèi)分析顯示，初生生長(cháng)與碳水化合物代謝和真菌防御有關(guān)，而次生生長(cháng)與光合作用、氮轉運和葉片個(gè)體發(fā)育密切相關(guān)。通過(guò)加權基因共表達網(wǎng)絡(luò )分析和差異表達轉錄本分析發(fā)現，bHLH，GRF和MYB相關(guān)轉錄因子參與了羅浮買(mǎi)麻藤莖的初生生長(cháng)，而AP2，MYB，NAC，PLZA和bZIP參與了羅浮買(mǎi)麻藤莖的次生生長(cháng)。本研究結果進(jìn)一步證明，納米孔測序技術(shù)為生成全長(cháng)轉錄組數據和研究種子植物器官發(fā)育提供了一種經(jīng)濟有效的方法。

活動(dòng)信息

本期文獻秀就邀請了本文作者為大家帶來(lái)這篇文獻的詳細解讀，想詳細了解這篇文獻設計分析思路的同學(xué)歡迎參加本次直播活動(dòng)：

主題：【納米孔測序技術(shù)】全長(cháng)轉錄組的比較分析揭示羅浮買(mǎi)麻藤莖的動(dòng)態(tài)變化

時(shí)間：5月25日16:00

形式：線(xiàn)上直播

主辦方：百邁客生物

分享嘉賓

侯晨 博士

畢業(yè)于斯德哥爾摩大學(xué)（瑞典）植物系統發(fā)育學(xué)專(zhuān)業(yè)，中山大學(xué)博士后，廣東省林業(yè)科學(xué)研究院助理研究員，主要研究方向為樟屬植物龍腦累積的分子機制，澳洲堅果種子，買(mǎi)麻藤屬發(fā)育和轉錄組。

劉紹艷 博士

畢業(yè)于南京農業(yè)大學(xué)，百邁客生物實(shí)驗研發(fā)工程師，主要負責ONT平臺各產(chǎn)品的相關(guān)研發(fā)工作。

活動(dòng)支持

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