百邁客基因組調研圖云分析APP強勢來(lái)襲！ |

發(fā)布于 2021年8月30日

2021年8月，基因組調研圖（survey）分析正式入駐百邁客云平臺！
簡(jiǎn)單幾步，告別碼農！

調研圖分析背景介紹

一個(gè)物種基因組組裝質(zhì)量的好壞，其中一個(gè)重要指標就是看組裝的大小是否符合這個(gè)物種的預估值。偏大可能是存在冗余，需要進(jìn)行片段取舍；若偏小，可能是組裝的片段缺失；無(wú)論哪種都不利于后續基因組的應用。而預估物種基因組大小的主流方法有兩種：①流式細胞儀測定DNA含量；②基于測序片段統計計算基因組大小，也就是Survey調研圖分析。survey以二代測序技術(shù)為基礎，基于小片段文庫進(jìn)行低深度測序，通過(guò)K-mer分析，快速獲得基因組大小、雜合度、重復序列比例等基本信息。為制定該物種的全基因組de novo測序策略提供有效依據。原理詳見(jiàn)往期介紹:什么是基因組Survey？為什么要做基因組Survey？

Ranallo-Benavidez T et al., Nature Communications. 2020

? ? ? ?流式技術(shù)測定結果依賴(lài)于內參物種準確性，且難以預判物種復雜程度；Survey的判斷則受到主峰選擇的干擾。兩種方法各有利弊，因此在預估基因組大小時(shí)往往會(huì )結合進(jìn)行判斷，將物種大小鎖定在一定的范圍內。

? ? ? ?但僅知道物種大小是遠遠不夠的，現在為了完成更高質(zhì)量基因組組裝通常需要選擇不同類(lèi)型的材料。例如為了構建0?Gap的高連續性基因組，會(huì )選擇超高純合度的材料（通過(guò)自交純合或是花藥培養等）來(lái)降低組裝中的障礙。亦或是為了完成二倍體基因組雙單倍體的組裝，選擇超高雜合度的材料（例如遠緣雜交或是野生材料篩選等）來(lái)增加基因組中同源對的差異，從而進(jìn)行區分與組裝。

? ? ? ?因而，能夠判斷物種基因序列差異程度（雜合度）的Survey在基因組研究中就顯得尤為重要。但是survey需要通過(guò)一定的生信手段進(jìn)行數學(xué)統計才可完成分析，需要課題組有一定的計算資源與人員配置。百邁客調研圖云分析app在無(wú)需生信基礎，無(wú)需資源配置的情況下，僅需一個(gè)百邁客云平臺賬號，簡(jiǎn)單幾步鼠標操作即可完成survey分析。

基因組調研圖分析平臺介紹

（1）從百邁客官方云平臺登錄即可找到基因組調研圖分析平臺APP界面。百邁客云平臺網(wǎng)址：http://www.biocloud.net/

（2）分析過(guò)程簡(jiǎn)單易上手，從數據上傳到參數設置，只需要簡(jiǎn)單4步即可完成項目數據投遞和分析；

a.支持二代雙端測序數據，且數據不限來(lái)源：百邁客項目直接推送、非百邁客項目可自主上傳（注：調研圖分析數據深度宜在50X左右）。

b.為了更好區分所分析項目，可自主填寫(xiě)報告名稱(chēng)和物種拉丁名（選填）。動(dòng)植物材料選取過(guò)程中易受到微生物或其他生物污染，因此通過(guò)選擇分析物種所在類(lèi)別，進(jìn)行應數據庫比對判斷污染情況。物種污染程度為材料可用性提供重要依據。

c. 背景信息填寫(xiě)（選填）：調研圖分析會(huì )擬合多種分析結果，近緣物種大小\項目物種流式大小以及預估物種倍性的填寫(xiě)，可輔助調研圖判斷最佳分析結果。針對前期背景信息未知情況，APP將根據峰型擬合情況，挑選最適結果。無(wú)論填寫(xiě)與否，質(zhì)控報告中均會(huì )提供全部擬合結果供使用者挑選。

d.質(zhì)體的存在會(huì )影響基因組評估的準確性，可通過(guò)選擇是否過(guò)濾來(lái)進(jìn)行不同處理。