方法教學(xué) | 微生物次級代謝產(chǎn)物基因簇預測

微生物產(chǎn)生的次級代謝產(chǎn)物具有多種多樣的化學(xué)結構和生物活性，有很高的藥用以及商業(yè)價(jià)值，闡明微生物次級代謝產(chǎn)物的生物合成途徑是研究其功能作用的必要前提，隨著(zhù)基因組測序研究的深入，可以對次級代謝產(chǎn)物研究更加詳細，關(guān)于微生物次級代謝分析有很多分析工具，anti-SMASH是分析結果比較全面的。

那么怎么對微生物基因組次級代謝產(chǎn)物預測呢，以真菌為例講解：

1.次級代謝產(chǎn)物預測網(wǎng)址：https://fungismash.secondarymetabolites.org ，點(diǎn)擊進(jìn)入界面，可進(jìn)行細菌、真菌以及植物次級代謝產(chǎn)物預測；

 

2.點(diǎn)擊真菌基因組，填寫(xiě)郵箱（用于接收預測結果）以及真菌基因組組裝結果文件（fasta格式）和基因組預測結果文件（gff3格式）；

 

3.其他參數默認，點(diǎn)擊“submit”申請次級代謝產(chǎn)物預測結果，大約12h內，系統運行結束后，預留郵件會(huì )收到預測結果；

 

4.進(jìn)入預留郵箱查看預測結果，打開(kāi)預測結果網(wǎng)址即可查看結果，包含基因簇序列編號，次級代謝產(chǎn)物類(lèi)型，基因簇所在位置，與已知次級代謝基因簇的結果比對等；

 

5.點(diǎn)擊所關(guān)注的基因簇，可獲該基因簇的詳細信息，包括基因簇基因組成，核心基因的功能域組成以及與已知基因簇間共線(xiàn)性展示結果等；

 

6.點(diǎn)擊下載頁(yè)面，進(jìn)行對應結果數據下載；

 

以上是次級代謝產(chǎn)物預測過(guò)程，除此外還有兩點(diǎn)注意事項；

1、數據可只導入基因組組裝結果，那么該網(wǎng)站會(huì )進(jìn)行基因預測，但預測的結果與自己預測結果可能會(huì )有差異；

2、數據需在一個(gè)月內進(jìn)行下載，過(guò)期之后數據會(huì )自動(dòng)被刪除。

 

好了，次級代謝產(chǎn)物基因簇預測就是這樣簡(jiǎn)單

你學(xué)會(huì )了嗎？

小伙伴們，下周不見(jiàn)不散！