淺談lncrna研究思路機制-技術(shù)路線(xiàn)圖

研究思路，可以說(shuō)是一篇文章的靈魂，它牽引著(zhù)文章故事的脈絡(luò )，讓讀者與作者產(chǎn)生交談。近期推出的一系列研究思路內容，以期能夠為您帶來(lái)一些獨具匠心的靈感。如：基因功能研究思路與技術(shù)—植物篇；一文帶你get Hi-C研究套路；ATAC和其他組學(xué)的聯(lián)合分析策略；3+2經(jīng)典匯總|全長(cháng)轉錄組方案設計策略等等……,今天我們就來(lái)談一下lncRNA的研究思路機制及有哪些技術(shù)路線(xiàn)圖，如有疑問(wèn)或想了解更多的同學(xué)，歡迎點(diǎn)擊下方按鈕與我們信息工程師交流。

長(cháng)鏈非編碼RNA（lncRNA）是一類(lèi)長(cháng)度超過(guò)200 nt的RNA分子，位于細胞核或胞質(zhì)內，lncRNA一直以來(lái)都是科研領(lǐng)域的熱點(diǎn)，吸引著(zhù)眾多研究者的目光。長(cháng)鏈非編碼RNA按照其來(lái)源可分為Antisense lncRNA (反義長(cháng)非編碼RNA)，Intronic transcript (內含子非編碼RNA)，Long intergenc noncoding RNA(lincRNA)，Promoter-associated lncRNA(啟動(dòng)子相關(guān)lncRNA)，UTR associated lncRNA(非翻譯區lncRNA)五種類(lèi)型。lncRNA在轉錄前、轉錄水平與轉錄后水平上均具有重要作用。在整個(gè)基因組轉錄產(chǎn)物中，lncRNA所占的比例遠遠超過(guò)編碼RNA所占的比例，與人類(lèi)和動(dòng)物相比，植物lncRNA研究仍處于起步階段，植物lncRNA的研究可能揭示控制植物生長(cháng)和分化的未知新機制，lncRNA在植物開(kāi)花、雄性不育、營(yíng)養代謝、生物和非生物脅迫等多種生物過(guò)程中起著(zhù)調節因子的作用。隨著(zhù)高通量測序技術(shù)的發(fā)展，越來(lái)越多的lncRNA被鑒定出來(lái)，但具體的作用與功能仍然不是很清楚，因此lncRNA的研究領(lǐng)域依然是一片非常廣闊的神秘區，具有極大的研究?jì)r(jià)值。

lncrna研究思路機制主要分為三大步驟：

lncrna研究思路機制1、lncRNA的篩選

基于鏈特異性建庫的RNA-seq能夠對不同組織或樣本的lncRNA進(jìn)行測序，通過(guò)對轉錄本編碼潛能進(jìn)行篩選，判斷其是否具有編碼潛能，從而可以判定該轉錄本是否為lncRNA，并識別不同樣品（或樣品組）之間顯著(zhù)差異表達的基因或lncRNA。

lncrna研究思路機制2、LncRNA的驗證

通過(guò)測序結果確定相關(guān)lncRNA后，可以通過(guò)NONCODE或者lncRNAdb等網(wǎng)站進(jìn)一步了解lncRNA的相關(guān)信息，比如lncRNA的長(cháng)度，染色體所在位置與特異性表達信息。

lncRNA的全長(cháng)序列一般通過(guò)RACE實(shí)驗來(lái)獲得，5’RACE獲取5’全長(cháng)，3’RACE獲取 3’全長(cháng)，最終拿到完整的lncRNA序列。

lncRNA的表達分析可以通過(guò)定量PCR或者Northern blot驗證，在不同組織或樣本中檢測表達差異，為篩選研究目標lncRNA打下基礎。這里還要提一下lncRNA的分子定位分析，這些非編碼RNA的定位分析對深入了解他們的功能是至關(guān)重要的，因為這可能決定了lncRNA的調控機制。眾所周知，lncRNA可以在轉錄水平或轉錄后水平來(lái)調控基因的表達，當lncRNA位于細胞核內時(shí)，是在轉錄前或轉錄水平上來(lái)影響基因的表達，因此在這種情況下再提出當前研究較火熱的ceRNA機制就不是那么合理了。對于lncRNA定位信息，可以通過(guò)查詢(xún)RNALocate數據庫或者相關(guān)分子實(shí)驗確定。

lncrna研究思路機制3、LncRNA的功能研究

通過(guò)高通量篩選出lncRNA只是研究的第一步，想要發(fā)高分文章，就必須對lncRNA的功能進(jìn)行深入的探索。最基本的研究就是構建lncRNA超表達載體或通過(guò)siRNA、反義核酸等方法沉默lncRNA，直觀(guān)地展現lncRNA具有的生物學(xué)功能。在明確了lncRNA具有的生物學(xué)功能后，就要從分子機制上解析其如何發(fā)揮的作用，無(wú)外乎三點(diǎn)：1）lncRNA與RNA相互作用，這里主要指的是lncRNA對其靶基因的調控；2）lncRNA與蛋白相互作用，RIP是研究RNA蛋白相互作用的重要手段，利用RIP可以研究在體內蛋白是否與lncRNA發(fā)生相互作用；3）lncRNA結合DNA序列，這是位于核內的lncRNA發(fā)揮調控作用的一種機制。

lncRNA在最初研究階段，普遍不認為其具備編碼能力，但最近幾年相繼有文章報道相關(guān)lncRNA能通過(guò)編碼小肽來(lái)發(fā)揮作用，一時(shí)間lncRNA編碼話(huà)題再次成為熱點(diǎn)。對于判斷lncRNA是否具備編碼潛能，首先要看該lncRNA是否具有核糖體結合位點(diǎn)與開(kāi)放閱讀框，滿(mǎn)足這兩個(gè)先天條件后，還要通過(guò)多肽鑒定的分子實(shí)驗來(lái)進(jìn)行驗證。

lncRNA依然是科研領(lǐng)域熱點(diǎn)之一，現在來(lái)說(shuō)，簡(jiǎn)單篩選某一物種的lncRNA很難發(fā)表高分文章，下游功能驗證研究越來(lái)越被重視，對文章影響因子有期待的老師，做好下游實(shí)驗一定會(huì )給文章增光添彩。

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