領(lǐng)跑開(kāi)學(xué)季-Nanopore全長(cháng)轉錄組

應用案例

案例一

Complete genomic and transcriptional landscape analysis using third-generation sequencing: a case study of Saccharomyces cerevisiae CEN.PK113-7D. (Nucleic Acids Research, 2018.01, IF=11.561)

1、對釀酒酵母進(jìn)行全長(cháng)轉錄組測序；

2、葡萄糖生長(cháng)條件下的酵母共計獲得~509 MB（59X）數據量，包含約530,000高質(zhì)量reads，其中N50為1150bp；酒精條件下的酵母共計獲得~623 MB（72X）數據，約623000 高質(zhì)量reads，其中N50為1263 bp；

3、該技術(shù)的比對率為88%，錯誤率為12%，其中超過(guò)70%的轉錄本為全長(cháng)轉錄本，鑒定長(cháng)度最長(cháng)轉錄本超過(guò)5kb，并對轉錄本進(jìn)行定量分析。

 

案例二：

Nanopore long-read RNAseq reveals widespread transcriptional variation among the surface receptors of individual B cells. (Nature Communications, 2017, IF=12.353)

1、鑒定到4234 TSSs 和3883 TESs，其中Genecode數據庫已知2476 TSSs 和2448 TESs ;

2、并發(fā)現 296 內含子保留, 134 個(gè)5’剪切 和173 個(gè)3’剪切；

3、結果表明，通過(guò)Nanopore測序不僅可以識別復雜的isoforms，而且還能定量其表達水平。

 

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