全轉錄組前沿分析亮點(diǎn)

新技術(shù)/新思路

Nanopore DNA測序

當前全基因組范圍的5mC研究技術(shù)主要是WGBS、RRBS、芯片、DNA甲基化免疫共沉淀MeDip技術(shù)，當前全基因組范圍的6mA的主要研究技術(shù)是PacBio SMRT、MeDip-seq、miClip技術(shù)。而Nanopore三代單分子納米孔測序可以同時(shí)檢測全基因組范圍單堿基的5mC和6mA修飾位點(diǎn)，并給出單堿基的甲基化水平！

這套甲基化數據不僅能研究DNA甲基化還能研究結構變異??！它不僅克服了二代技術(shù)的短片段僅能測到部分斷點(diǎn)的技術(shù)壁壘，還化解了重復序列變異難以研究的尷尬！

Hi-C & ATAC-seq?

Hi-C是染色質(zhì)構象捕獲技術(shù)結合高通量測序衍生的一種技術(shù)，實(shí)現了全基因組范圍內的染色體片段間的相互作用的捕獲，可以揭示染色體片段間的交互作用，闡述染色體三維結構。

ATAC-seq作為在全基因組上處于開(kāi)放狀態(tài)的染色質(zhì)區域的技術(shù)，可以進(jìn)一步定位核小體及相關(guān)調控元件，獲得與特定蛋白（如轉錄因子、CTCF）結合的位點(diǎn)，而TAD邊界、loop上常常會(huì )募集轉錄因子、結構蛋白，Hi-C與ATAC-seq兩種技術(shù)聯(lián)合，可以從表觀(guān)遺傳網(wǎng)絡(luò )來(lái)闡述疾病發(fā)生發(fā)展的相關(guān)機制。

全轉錄組新內容

全轉錄組是指細胞所能轉錄出來(lái)的所有類(lèi)型RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。而我們常說(shuō)的全轉錄組測序則通常是包含lncRNA、circRNA、miRNA以及mRNA的測序。大家一般都先篩篩每種RNA的差異，對于基因能直接做個(gè)功能富集分析看看差異基因的功能，對于非編碼RNA呢就是找到對應的靶基因或來(lái)源基因然后研究這些非編碼RNA的功能。每種RNA單獨分析后,把所有RNA整合在一起進(jìn)行個(gè)聯(lián)合分析，把各種RNA的結果整合在一起，做個(gè)ceRNA，共表達分析之類(lèi)。

所謂的高級分析，所謂的定制化內容，百邁客都想當成常規分析內容，一次性解決您所有可能的問(wèn)題！同時(shí)在微信公眾號中細述分析原理以及能解決的生物學(xué)問(wèn)題，讓您知其然，知其所以然！

GSEA

無(wú)需做差異分析，直接拿所有基因的表達量即可找到實(shí)驗組和對照組有一致性差異的感興趣的通路。

WGCNA

通過(guò)樣品的基因表達水平，鑒定表達模式相似的基因集合（即模塊，module），解析模塊與樣品表型之間的聯(lián)系，繪制模塊中基因之間的調控網(wǎng)絡(luò )并鑒定關(guān)鍵調控基因。

ceRNA分析

競爭性?xún)仍碦NA(ceRNA)是近幾年來(lái)的研究熱點(diǎn)，是一種全新的轉錄調控模式。這些ceRNA能夠通過(guò)miRNA應答元件（microRNA Response Element, MRE）競爭性地結合相同的miRNA來(lái)調節彼此的表達水平。ceRNA假說(shuō)揭示了一種RNA間相互作用的新機制。ceRNA可以通過(guò)競爭性的結合miRNA來(lái)調控彼此的表達，如：miRNA可以導致基因沉默，而lncRNA競爭性結合了miRNA，從而影響了miRNA導致基因沉默這一功能。這里，mRNA、lncRNA、circRNA等均可作為ceRNA。不做ceRNA的全轉錄組那算不得全轉錄組！

整合通路分析

分析時(shí)發(fā)現差異表達基因或者感興趣的基因富集的通路太多，看通路圖可以獲取每個(gè)通路中基因的調控關(guān)系，然而這一個(gè)基因在多個(gè)通路中的調控關(guān)系看起來(lái)太麻煩了！而整合的通路網(wǎng)絡(luò )分析，可以讓您一目了然觀(guān)看您感興趣的基因在您感興趣通路中的調控機制。

KEGG整合通路網(wǎng)絡(luò )圖

一份報告

一份報告，所有內容，清晰明了！

TF結合位點(diǎn)

根據轉錄因子（TF）的motif尋找靶向基因啟動(dòng)子區的結合位點(diǎn)（TFBS）。

TFBS序列特征圖

TF活性與共調控網(wǎng)絡(luò )

根據轉錄因子和基因的表達模式，推測基因和轉錄因子間的靶向關(guān)系，以及轉錄因子在不同樣品中的活性。

轉錄因子在不同樣品中的轉錄活性

轉錄因子共調控網(wǎng)絡(luò )圖

差異可變剪切

通過(guò)rMATS統計模型對不同樣本（不同差異分組內）進(jìn)行可變剪切事件的表達定量。

差異可變剪接類(lèi)型

如果您對上述新老研究?jì)热莞信d趣，或者對于全轉錄組內容有自己的看法或者疑惑都可以點(diǎn)擊下方按鈕咨詢(xún)我們，我們將給您詳細的解答。

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