戰疫情，強化分析功能的“2019-nCoV基因組數據分析綜合平臺”第二期上線(xiàn)

抗擊疫情我們在行動(dòng)

疫情猛于虎，疫情就是命令，時(shí)間就是生命，隨著(zhù)全國抗擊新型冠狀病毒肺炎的戰役打響，百邁客研發(fā)人員自疫情爆發(fā)以來(lái)，主動(dòng)放棄休息，默默工作，日夜奮戰，爭分奪秒，盡全力開(kāi)發(fā)病毒分析平臺，為全國一線(xiàn)疫情防控提供強有力的技術(shù)支持。

2020年1月27日，百邁客首版“新型冠狀病毒基因組數據分析綜合平臺”免費向科研人員開(kāi)放，上線(xiàn)后，來(lái)自全國18個(gè)高校和研究單位的訪(fǎng)問(wèn)量己達到2042次。其中包含同濟大學(xué)醫學(xué)院、哈爾濱醫科大學(xué)、華中農業(yè)大學(xué)、武漢大學(xué)、包頭醫學(xué)院等等，不少專(zhuān)家學(xué)者對百邁客所做的努力給以了肯定，也提出了非常多的改進(jìn)意見(jiàn)與使用需求。
近一周來(lái)，通過(guò)研發(fā)人員加班加點(diǎn)的不懈努力，于2020年2月3日正式上線(xiàn)第二期“新型冠狀病毒(nCoV)基因組數據分析綜合平臺”。本期相較于第一期，平臺在多個(gè)方面完成優(yōu)化，以更好的提高對病毒數據的深入解讀：

01、不斷豐富病毒數據庫：

研發(fā)人員不斷跟進(jìn)，并實(shí)時(shí)更新毒株測序信息。目前，病毒數據庫中部署的病毒毒株的基因組信息已增加至37個(gè)，具體包括：
1、來(lái)源于GISAID的26例新型冠狀病毒的基因組序列信息；
2、來(lái)源于NCBI的MN938384、MN908947、MN975262等3個(gè)毒株的序列信息；
3. 來(lái)源于NCBI的SARS毒株（AY274119.3）的序列信息和MERS毒株（KC164505.2、JX869059.2）等3個(gè)毒株序列信息；
4. 來(lái)源于NGDC的GWHABKF00000000、GWHABKG00000000、 GWHABKH00000000、GWHABKI00000000、GWHABKJ00000000等5個(gè)毒株的序列信息；
其中MN938384、MN908947、MN975262、GWHABKF00000000、GWHABKG00000000、 GWHABKH00000000、GWHABKI00000000、GWHABKJ00000000?毒株具有全套的基因組注釋信息，用戶(hù)可以通過(guò)Browse的Gene Search模塊根據特定基因ID、或者特定基因組位置完成特定毒株中基因信息序列 及 基因結構的檢索。

02、增加更多自動(dòng)化分析工具

平臺第一期已完成Blast（序列比對）、Gbrowse（基因組瀏覽器）、Primer Design（引物設計）、MEGA（進(jìn)化樹(shù)，了解毒株的進(jìn)化起源）、Muscle（全局多序列比對）、MCMCTREE（分化時(shí)間估算）、MultipleCompare（蛋白多序列比對）等工具的部署。
第二期在繼續修復、優(yōu)化第一期工具的同時(shí)，又增加了bowtie2（將短序列比對至大基因組的工具)、bwa（短序列比對）等工具。其中，bowtie2具有速度快、節省內存，比對算法相對嚴格等特點(diǎn)，科研人員可用此工具實(shí)現快速比對，尤其是測序毒株與參考基因組毒株的差異性比較小時(shí)，一般選擇此工具。bwa比對算法相對寬松，科研人員可用此工具快速的將相對較小的片段比對到參考序列上，尤其是當測序毒株與參考基因組毒株的差異性比較大時(shí)，一般可選擇此工具。

03、更好實(shí)現了數據庫與工具的組合使用

科研人員可使用平臺數據庫，通過(guò)工具模塊完成一定的數據挖掘、分析。如通過(guò)我們部署的MEGA工具，即可以便捷使用數據庫中已部署的37個(gè)毒株的參考基因組序列，而且用戶(hù)可結合自己存儲的私有毒株基因組序列，構建病毒毒株的進(jìn)化樹(shù)，了解新型冠狀病毒的進(jìn)化樹(shù)起源。
我們將持續跟進(jìn)、并更新平臺數據庫，在為國內外科研工作者提供方便快捷的數據檢索及下載服務(wù)的同時(shí)，在隨后的三期、四期研究計劃中，我們會(huì )繼續部署更多的自動(dòng)化分析工具，分析保守域、毒株間的變異信息，尋找毒株間的共性的突變信息，為病毒致病機理的研究、疫苗的開(kāi)發(fā)等提供技術(shù)支持。
備注：針對Muscle、MCMCTREE、MultipleCompare工具，為了提高更大的分析資源，請登錄百邁客云平臺進(jìn)行分析（https://international.biocloud.net/zh/user/login），我們已經(jīng)為您申請了工具的賬號：2019ncov@biomarker.com.cn 密碼: 123.bmk，請登錄云平臺進(jìn)行使用。

04、綜合數據平臺的后期規劃

1、數據庫中將不斷實(shí)時(shí)更新、增添新測序冠狀病毒毒株的基因組序列；
2、繼續部署更多款方便快捷的自動(dòng)化分析工具，為科研提供重要的數據支撐。如，后期我們會(huì )部署“病毒基因組的組裝”、“毒株全序列之間的SNP/INDEL”、“測序數據與ref尋找SNP/INDEL”等等多個(gè)工具模塊，用于了解冠狀病毒的來(lái)源，了解病毒毒株變異的路徑，從而為后期防控冠狀病毒引起的疫情，和治療新型冠狀病毒肺炎提供重要的數據支撐。
3、病毒數據庫第二期中會(huì )時(shí)時(shí)更新“新型冠狀病毒”的研究相關(guān)的文獻，便于用戶(hù)了解目前新型冠狀病毒的研究進(jìn)展。
4、同步整合“騰訊醫典”，和 “騰訊健康”中的新型冠狀病毒的科普知識，幫助用戶(hù)了解疫情的發(fā)展狀況及預防防治等相關(guān)內容。為用戶(hù)掌握科研進(jìn)展、了解新聞動(dòng)態(tài)與科學(xué)知識提供資源與窗口。
總之：我們將不斷整合新的病毒毒株序列信息，致力于打造成一個(gè)數據最全面、分析功能最強大的病毒綜合性數據庫平臺。

24小時(shí)對接聯(lián)系人

1、數據庫使用&數據分析對接人：

負責人：王老師
手機：18514282648（同微信）
郵箱：wangf@biomarker.com.cn

2、樣品準備&測序對接人：
負責人：康老師
手機：16622926288（同微信）
郵箱：kangjm@biomarker.com.cn

2018年熬過(guò)豬價(jià)低迷寒冬，2019年躲過(guò)非洲豬瘟的肆虐，18-19年都扛過(guò)來(lái)了，2020年的春天還遠嗎？不造謠、不信謠、不傳謠，共建和諧清朗的網(wǎng)絡(luò )空間，相信在政府的有序組織下，人民群眾萬(wàn)眾一心定能有效抗擊疫情，還2020年一個(gè)春暖花開(kāi)的一年開(kāi)端。

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