如何進(jìn)行細胞類(lèi)型手動(dòng)注釋?zhuān)?/h1>

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細胞注釋主要有兩種方法：

1）基于參考數據庫利用軟件工具（SingleR、SCINA）進(jìn)行自動(dòng)化；

2）基于參考數據庫、文獻資料確定已知細胞類(lèi)型的特征表達基因（marker標記）列表和相關(guān)通路進(jìn)行人工注釋。細胞注釋要同時(shí)結合自動(dòng)化注釋和人工注釋?zhuān)@兩種方法并不是獨立割裂開(kāi)來(lái)的，需要搭配使用，軟件自動(dòng)化細胞注釋方法方便且系統化，完全依賴(lài)于參考數據集，注釋的結果有時(shí)也并不是高置信度注釋。在百邁客提供的數據庫自動(dòng)注釋的基礎上，老師提供對應細胞群/亞群的marker基因列表，如T細胞：CD4、CD8，可以根據已發(fā)表的文章（物種、疾病、組織檢索）或者cell marker數據庫進(jìn)行進(jìn)一步的人工注釋校正，可大大提高注釋的準確度。