目前，微生物多樣性研究主要是于編碼核糖體RNA的核酸序列保守區進(jìn)行的。細菌主要是基于16S區，真菌主要基于18S區或ITS區（內轉錄間區），16S rDNA 是編碼原核生物核糖體小亞基rRNA（16S rRNA）的DNA序列，18S rDNA是編碼真核生物核糖體小亞基rRNA（18S rRNA）的DNA序列，ITS是編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA內轉錄間隔區序列。這些序列中既有保守區又有可變區，保守序列區域反映了生物物種間的親緣關(guān)系，而高變序列區域則能體現物種間的差異。由于18S rDNA在進(jìn)化速率上比較保守，在系統發(fā)育研究中較適用于種級以上階元的分類(lèi)。
常用作微生物分類(lèi)研究的ITS分為ITS1和ITS2兩種。ITS1位于真核生物核糖體rDNA序列的18S和5.8S之間，ITS2位于真核生物核糖體rDNA序列5.8S和28S之間。由于ITS區在核糖體RNA加工過(guò)程中被剪切掉，不發(fā)揮功能作用，在進(jìn)化過(guò)程中選擇壓力較小，進(jìn)化速率約為18S rDNA的10倍，屬于中度保守的區域，利用它可研究種及種以下的分類(lèi)階元。另外，也可通過(guò)選擇引物同時(shí)擴增18S rDNA和ITS，通過(guò)分析20S rDNA序列，先在較高級別上確定樣品的歸屬，然后根據ITS 序列，將真菌歸類(lèi)到種或亞種水平。
微生物多樣性測序分析內容
標準分析內容
序列優(yōu)化及質(zhì)控、測序數據介紹、數據過(guò)濾及質(zhì)量評估、劃分OTU、OTU生成、OTU聚類(lèi)結果統計、OTU豐度統計、分類(lèi)學(xué)分析、物種分類(lèi)與相對豐度統計、群落結構分析、物種熱圖分析（N≥3） 物種系統進(jìn)化分析、單樣品分類(lèi)學(xué)樹(shù)狀圖、多樣品分類(lèi)學(xué)樹(shù)狀圖、單樣品（alpha）多樣性分析、α-多樣性指數統計、稀釋性曲線(xiàn) Shannon-Wiener曲線(xiàn)、物種累積曲線(xiàn)（N≥5） 樣品間OTU比較（Venn圖或者花瓣圖） 多樣品（beta）多樣性分析（N≥3） Binary jaccard、bray Curtis （un）weighted unifrac（細菌）、樣品熱圖分析、主坐標PCoA分析、主成分PCA分析、樣品層次聚類(lèi)（UPGMA）、NMDS 分析
高級分析內容
組間差異分析（分組≥2，每組≥2樣品）、LEfSe分析 組間顯著(zhù)性差異分析、樣品間相關(guān)分析（N≥3）、三元相圖（N≥3）、Anova方差分析（分組≥2，每組≥2樣品）、Wilcox秩和檢驗（分組≥2，每組≥2樣品）、RDA/CCA 分析（屬水平）(注：需要提供環(huán)境因子數據，且環(huán)境因子數小于分析樣品數) 基于16S的COG和KEGG數據庫功能富集（限細菌）
物種相對豐度計算方法
每個(gè)物種在每個(gè)樣品中的測序tags數除以對應樣品的測序tags總數
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